纪念碑谷大盒子玩法的核心是通过操控箱子四角的按钮切换独立空间，依次点亮四座灯塔，再触发后续机关引导主角抵达终点完成解谜，全程需灵活运用空间切换与机关联动，精准把控每一步操作顺序才能顺利通关。进入关卡后呈现的是一个封闭的正方体箱子，箱体四周分布四个控制按钮，每个按钮对应一个独立的内部场景，这是整个关卡解谜的核心载体，所有操作都围绕箱子的开合与空间切换展开。首先点击箱子右上角的按钮，掀开对应区域进入首个空间，此时主角艾达会出现在场景中，操控其移动至场景内的开关位置踩下，成功点亮第一座灯塔，接着引导艾达进入场景上方开启的门，返回箱子外部后，再次点击右上角按钮关闭当前空间，完成第一个空间的基础解谜。
完成首个空间解谜后，点击箱子左下角的按钮进入第二个空间，这个场景没有可直接操控的主角，核心是借助乌鸦人触发机关。进入场景后等待乌鸦人踩下场景内的开关，此时场景中的桥梁会完成拼接，迅速操控角色通过拼接好的道路抵达按钮处，踩下按钮点亮第二座灯塔，完成后从场景左侧的门返回箱子外部，点击左下角按钮关闭该空间。随后再次打开箱子右上角的按钮，让主角从左下角的门进入场景内部，接着关闭右上角空间，转而打开左上角的按钮进入第三个空间，这个空间路径相对直接，操控主角沿场景边缘行走，抵达场景内的按钮位置踩下，点亮第三座灯塔，完成后按原路返回箱子外部，关闭左上角空间。
该场景同样没有主角，需要通过滑动机关引导乌鸦人完成操作。进入空间后，滑动场景右侧的长条状机关，调整机关高度为乌鸦人搭建通行路径，让乌鸦人顺利移动至开关处并踩下，成功点亮第四座灯塔。当四座灯塔全部点亮后，箱子左侧会出现一个总开关，点击开启总开关，再滑动箱子右侧的滑块，会解锁新的机关与场景，主角艾达会重新出现在场景中。此时依次操控艾达踩下场景内依次出现的按钮，每踩下一个按钮就会解锁新的路径与楼梯，逐步延伸通往终点的道路，过程中会出现可转动的齿轮机关，转动齿轮能开启隐藏的墙体与通道，进一步拓展可移动的区域。
随着机关逐步触发，场景会不断展开新的结构，从箱子内部逐渐延伸出完整的立体路径，操控艾达沿生成的楼梯、斜坡向上移动，依次踩过所有出现的机关按钮，每一次操作都会让箱子结构产生变化，最终场景会完全展开，通往终点的门会彻底开启。抵达终点区域后，操控艾达踩下最后一个关键按钮，整个大盒子会开始缓慢闭合，所有机关与场景逐步复原，艾达沿最终的路径走到场景尽头，即可完成纪念碑谷大盒子的全部关卡挑战。整个玩法的关键在于理解箱子空间的独立关联性，按顺序完成灯塔点亮，精准联动各类机关与乌鸦人辅助，一步步解锁场景结构，最终实现通关目标。
