舰船武器的配置是决定战斗效能的核心，主要武器分为粒子炮、激光炮、导弹和磁轨炮四大类，它们分别对应着晨曦、天启、新欧罗巴和斯瓦罗斯四大阵营的专精，每种武器在伤害类型、射程、能耗和攻击模式上各有优劣，配置时需要优先考虑舰船自带的专精加成以最大化输出效率。
粒子炮以高射速和近距离爆发见长，拥有最高的每秒伤害和可观的暴击率，但缺点是射程最短且占用功率较大，适合搭配晨曦的高机动性舰船进行近身作战。导弹的能耗最低且具备追踪效果，伤害类型较为平均，但输出平庸、暴击率低且弹道飞行时间较长。激光炮的单发伤害最高，射速快且没有伤害延迟，但能耗巨大且攻击间隔长。磁轨炮则拥有所有武器中最远的射程，适合执行风筝战术，不过其伤害类型较为单一，容易被针对。
配置武器时，必须紧密结合舰船的定位与战术需求，进行火力与防御的平衡，高输出武器往往伴随高能耗或低生存能力，因此需要通过装置槽补充护盾回复或能量恢复功能，组件槽中的抗性增强模块需根据敌方主流伤害类型进行调整，例如天启帝国的舰船通常热能抗性最优，动能抗性相对薄弱，装配时就需要有针对性地弥补短板。
PVP与PVE的配置思路差异显著，PVP更注重爆发、针对性和生存，例如战列舰可能采用高抗性、远射程的狙击配置，并装配火控精度计算机来弥补对小型目标的命中劣势，同时需要装备护盾继电器、能量回充器等装置来保证持续作战能力。而PVE则更偏重续航和泛用性，可以选用能耗较低的武器，并配置能量回复增效器、护盾回充器等模块来维持长时间刷怪的需求，超级装置的触发条件也应纳入整体搭配的考量之中。
